Le specie di funghi patogeni all'uomo sono numerose. Tra gli agenti patogeni più diffusi troviamo alcuni funghi dei generi Trichophyton e Microsporum che causano importanti dermatomicosi come varie forme di tigna
Altri generi patogeni diffusi sono: Aspergillus, in grado di produrre sia micotossine con effetti cancerogeni sia allergeni causa dell'asma sia importanti patologie del sistema respiratorio dette aspergillosi; il genere Candida, importanti agenti patogeni umani noti per causare infezioni opportunistiche in pazienti immunocompromessi e funghi appartenenti al genere Cryptococcus che possono causare gravi forme di meningite e meningo-encefalite in pazienti immunocompromessi.
